多点研究结果支持人们使用支气管内超声引导下经支气管针吸活检术（EBUS-TBNA）进行纵隔淋巴结采样。
来自美国胸科医师学会质量改进注册、评估和教育数据库的数据显示，2009年2月至2010年8月间在美国六家医院接受过支气管内超声引导下经支气管针吸活检术的1317例患者中，只有1.44%的患者出现了并发症。“这表明该针吸活检术是一个令人放心的安全操作，”来自美国休斯敦市德克萨斯大学安德森癌症中心的乔治.伊彭及其合著者在《胸腔》杂志上说。
然而，假如接受了EBUS-TBNA的患者还进行了经支气管肺活检术，那么他们出现并发症的机会较仅接受了EBUS-TBNA的患者将有一个2.85倍的明显增高（3.21%对1.14%）。此外，主治医院使用快速现场细胞学评价（ROSE）的患者较那些主治机构没有这种能力的患者接受活检的比例明显减少（12.6对19.1%）。
该研究小组指出，参与该研究的医院在快速现场细胞学评价和经支气管肺活检术两者的使用方面存在的明显差异具有重要意义。伊彭等人建议：“未来的研究应将上述注册范围扩大到不同规模的其它医院和更多样化的实践模式中去，以便对这些研究结果进行验证；同时，应开始探索医院和医生水平的变化与操作并发症及其后果之间的相互影响”。
尽管如此，在接受了支气管内超声引导下经支气管针吸活检术的患者中，只有0.53%的人出现过气胸，1.06%的人需要升级他们的护理等级。护理升级与患者年龄超过70岁（OR= 4.06）、正在住院（OR= 4.93），以及需要深度镇静或全身麻醉（OR= 4.68）等因素明显相关。
其它发生很少、以致不能进行统计学分析的并发症包括持续缺氧（4例）、需要干预的出血（3例）、支气管内超声引导下经支气管针吸活检术后24小时内出现呼吸衰竭（3例）、低血压（例1）、以及有临床意义的气道损伤（1例）等。
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