GIFT研究：外显子组分析揭示和血小板功能相关的两个新基因

GIFT研究对参加GRAVITAS研究的150名白人患者首次进行了基因组的全部外显子的分析,结果显示两个新的基因似乎对血小板的功能至关重要。

MatthewPrice博士（斯克里普斯临床和转化科学研究所，拉霍亚加州）对heartwire网站说“CYP2C19*2基因只解释了血小板对氯吡格雷反应的整体变异的一小部分，所以问题在于我们是否可以找到其他标志物（Marker）来解释血小板对氯吡格雷反应性的变异，进而我们可以从比较全面的遗传学的角度，在应用抗血小板药物前做更好的决策”

Price博士在2012年美国的心脏病学会议（此次会议以介入医学为特色）上展示了GIFT（Genotype Information and FunctionalTesting,GIFT,基因型信息和功能的测试）的研究结果。GIFT研究首次应用全部外显子的序列分析以找寻氯吡格雷反应变异性的遗传方面的决定因素。

Price说这个研究发现的第一个基因“ATP2B2的变异体”是一个非常有趣的分子，它在维持细胞内的钙稳态中起着关键作用，并与较高的血小板活性有关。第二个基因，TIAM2，编码一种蛋白，该蛋白可活化血小板聚集的第二信使。

Price博士说，“这仅仅是一个开端，是初步的。将来有更多的工作需要去做，需要进行更多的验证”。Price强调，该项研究更大的前景是应用药物基因组学去评估药物的反应性，我们的研究表明应用外显子组测序的药物基因组学去探明尚不明确的药物反应机制具有可行性及潜在的应用价值。它将允许你去真正了解药物的反应性及其不良反应，例如出血等，而你甚至不需要知道具体的机制。

Price解释外显子测序是对人类基因组编码蛋白的所有区域进行测序，所以更有可能检测到对疾病有更大影响的基因变异。它对单核苷酸的多态性（SNPs）和插入/缺失均有研究，它与全基因组关联研究（GWAS）不同，可以识别真正的与疾病相关的变异。GWAS研究基因组中特定的zip-code与反应性的关联，而外显子测序关注的是碱基和实际的变异与反应性的关联。他们是两种不同的路径，并且可以相互补充。

Price及其同事使用GRAVITAS试验研究的基因样本，GRAVITAS试验的研究设计是为了观察双倍剂量的氯吡格雷（150毫克）是否对PCI术后具有较高血小板活性的患者具有益处，结果不是。GRAVITAS研究应用VerifyNowP2Y12检测治疗组的基线和30天的血小板功能。Price及其同事选择了147位白人患者进行外显子组的分析。

“研究得到了人类基因组的约1.5％的碱基，得到了超过21000个基因的外显子。这是相当可观的数据。它不仅仅是测序，而是大量的计算分析。这项研究的真正挑战不是得到碱基对而是分析，你需要有很好的判断力，因为有大量的数据需要处理，而其中这里面有很多无用的、误读的信息，这需要花费大量的时间。这需要超级计算机，而且费用相当昂贵，然而这是一项极为严格的分析”。

我们的研究结果是初步的然而外显子组测序是可行的。根据研究结果，有三个不同的位点与基线血小板反应活性有关（PCI术后12-24小时，围术期标准的氯吡格雷方案）：①ATP2B2基因，出现于27%的白人研究对象；②TIAM2，出现于13%的研究对象；③CYP2C18和CYP2C19两个等位基因。PCI术后30天，他们发现只有CYP2C18和CYP2C19两个集群，除此之外再无其他。CYP2C18/9位点在PCI术后30天仍保持对氯吡格雷的影响意味着它不像其他编码蛋白的分子，CYP2C18/9可能对30天这个时间点的药物反应性的差异仍有较大的影响。

Price博士说，虽然结果是初步的，然而从21000测序的基因中识别出与血小板功能相关的两个关键基因使研究结果具有信服力。下一步的研究计划是在1000多例患者中验证这些结果。外显子组测序正变得更可行，研究最贵的部分是试剂，然而我们现在已做到每人每个基因组仅应用1000多美元，而随着时间的增加，这部分的费用将逐渐下降。限制因素不是测序，而是数据的解析，计算生物学的发展。然而，我们正在逐渐进步，我们将达到我们的目标。

背景资料：GIFT研究得到了施贵宝/赛诺菲公司的资助，外显子测序由于MolecularResponse和安捷伦科技（AgilentTechnologies）公司的资助。Price说顾问酬金来源于施贵宝/赛诺菲公司、,Accumetrics、DSI/礼来、默克制药、西安杨森、阿斯利康、theMedicinesCompany,andMedicure；演讲者酬金来自DSI/礼来和阿斯利康。研究由施贵宝/赛诺菲公司、诊断测试、Accumetrics,MolecularRespons和IversonGenetics股份支持。